1. ย่านคลองจรเข้ขบ อยู่ในเขตประเวศ ความยาวประมาณ 2 กม. ลักษณะคลองไม่กว้างมากนัก เป็นถิ่นที่อยู่ของชาวมุสลิม มีมัสยิดอยู่ติดคลอง และโรงเรียนสุเหร่าจรเข้ขบ สังกัดกรุงเทพมหานคร อยู่ติดกัน ภายในคลองมีการเลี้ยงปลาในกระชังเป็นระยะ น้ำในคลองมีสีเขียว ทิศเหนือของคลองในโครงการติดถนนลาดกระบัง ปลายคลองด้านใต้ติดถนนเฉลิมพระเกียรติ ร.9
2. คลองบางกอกใหญ่ อยู่ระหว่างเขตภาษีเจริญและบางกอกใหญ่ เดิมคือส่วนหนึ่งของแม่น้ำเจ้าพระยา หลังจากมีการขุดคลองลัด จึงแปรสภาพเป็นเพียงคลอง มีชุมชนริมคลองดั้งเดิม และหมู่บ้านใหม่ ทิศเหนือของโครงการเริ่มที่ ซอยจรัญฯ 13 ช่วงวัดวิจิตรการนิมิตร ปลายคลองด้านใต้สิ้นสุดที่ถนนเพชรเกษม ปัจจุบันมีตลาดน้ำแห่งใหม่คือ "ตลาดน้ำคลองบางหลวง" (ชื่อเดิมของคลอง) กำลังเป็นที่นิยมของนักท่องเที่ยวชาวต่างประเทศ คลองบางกอกใหญ่จึงกลายเป็นคลองที่ใช้สัญจรไปมาในเชิงท่องเที่ยว
3. คลองประเวศบุรีรมย์ เป็นคลองขุดขนาดใหญ่ จุดเริ่มต้นของโครงการเริ่มต้นที่วัดปลูกศรัทธา และสิ้นสุดที่วัดพลมานีย์ ชุมชนที่เข็มแข็งและเข้าร่วมโครงการอย่างชุมชนหลวงพรต-ท่านเลี่ยม ถือเป็นกำลังสำคัญของโครงการ ปัจจุบันคลองก็ยังคงมีการใช้สัญจรไปมา
4. คลองมอญ เขตบางกอกน้อย-บางกอกใหญ่ เป็นคลองที่ติดกับแม่น้ำเจ้าพระยา เป็นคลองขุดแต่โบราณ มีวัดหลายแห่งที่ติดคลอง เช่นวัดชิโนรส วัดครุฑ และวัดโพธิ์เรียง ปัจจุบันคลองใช้สัญจรไปมาในเชิงท่องเที่ยว อีกคลองที่เข้าร่วมโครงการแรกคือ "คลองทรงเทวดา" เป็นคลองขนาดเล็ก น้ำในคลองมีสีดำ และเน่าเสีย จนเหมือนคลองระบายน้ำมากกว่า แต่ชาวบ้านในชุมชนตรอกไผ่-บางเสาธง มีใจช่วยกันรักษ์คูคลองของตนที่นี่จึงมีกิจกรรมบ่อยๆ
5. คลองลัดมะยม เป็นคลองธรรมชาติเชื่อมต่อกับคลองบางระมาดและคลองบางพรหม แต่ในโครงการเลือกคลองลัดมะยมเชื่อมต่อกับคลองวัดโพธิ์เรื่อยต่อจนไปถึงวัดจำปา ปัจจุบันคลองลัดมะยมมีตลาดน้ำเปิดทุกวันเสาร์-อาทิตย์ จนเติบโตมีมากมายหลายโซน
6. คลองสวนหลวง อยู่ติดแม่น้ำเจ้าพระยา ในเขตบางคอแหลม เป็นคลองขนาดเล็กจนดูเหมือนท่อระบายน้ำในบางช่วง คลองไหลผ่านชุมชนหลายแห่ง ทั้งชาวมุสลิม และชาวพุทธ ในโครงการจึงมีทั้งมัสยิดและศาสเจ้า ชาวชุมชนพยายามดูแลรักษาย่านคลองของตนอย่างเต็มกำลัง
